Análisis de microsatélites mediante un sistema automático fluorescenteaplicación al estudio de tumores del sistema nervioso

  1. SOBRIDO GOMEZ M. JESUS
Supervised by:
  1. Ángel Carracedo Álvarez Director
  2. Manuela Lema Bouzas Co-director

Defence university: Universidade de Santiago de Compostela

Year of defence: 1999

Committee:
  1. Manuel Noya García Chair
  2. Santiago Ramón y Cajal Agüeras Secretary
  3. M. Eugenia Armengod González Committee member
  4. Manuel Forteza García Committee member
  5. Miguel Gelabert González Committee member
Department:
  1. Department of Forensic Science, Pathological Anatomy, Gynaecology and Obstetrics and Paediatrics

Type: Thesis

Teseo: 69911 DIALNET

Abstract

La inestabilidad de microsatélites debida a mutaciones en los genes reparadores de mismatch se ha implicado en la carcinogénesis de diversas neoplasias. El análisis de pérdidas de heterocigosidad permite identificar regiones cromosómicas implicadas en la carcinogénesis. Los estudios sobre este fenómeno en los tumores del sistema nervioso son pocos y los resultados heterogéneos, en gran parte por la ausencia de criterios unificados para definir estas alteraciones. OBJETIVOS: Evaluar la aplicación de un secuenciador automático basado en tecnología fluorescente para el análisis de microsatélites en cáncer y aplicar esta metodología al estudio de tumores primarios del sistema nervioso. MATERIAL Y METODOS: Los tumores estudiados fueron 56 gliomas, 32 meningiomas y 11 neurinomas, correspondientes a pacientes intervenidos en el Complejo Hospitalario Universitario de Santiago. Se trata de muestras preservadas e incluidas en parafina, de las que se seleccionó una zona adecuada de tumor para la extracción del ADN. EL ADN constitucional de cada paciente se extrajo a partir de sangre periférica. Hemos amplificado ocho loci microsatélites (D12S391, D21S11, Fibra/FGA, D19S394, D1S1656, D9S153, D9S1867, D6S1583), que posteriormente fueron analizados utilizando un secuenciador automático ALFExpress. El fenotipo de error de replicación (RER+) se definió por la presencia de inestabilidad en al menos 2 de los 8 loci. RESULTADOS: La identificación de inestabilidad de microsatélites y pérdidas de heterocigosidad está dificultada por diversos artefactos comunes a todos los STRs (bandas tartamudas, pull-ups, amplificación preferencial y artefactos de la electroforesis) y por artefactos característicos de cada microsatélite (picos aislados o patrones de múltiples picos). El sistema Fibra/FGA tuvo la mayor proporción de artefactos inespeciíficos. D19D394 tuvo la mayor proporción de falsas pérdidas de hetero